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而和景弥生说船上只有3175人，是因为桂木翔野已经被奥山主教侵染，灵魂被原罪吞噬，变成提线木偶的状态。所以和景弥生只能查看到3175人的灵魂，但铃木史?郎告诉他，船上有3176人。这个时候，和景弥生就发现了查特黄的问题。
接着是三条暗线，最简单，但最长的是赤井线：
FBI在这本书开始的时间点（即塔纳托斯被召唤前）就已经在查火灵教的问题。美国有很多人失踪，FBI发现失踪的人，都有一位信仰火灵教的关?系密切之人。
但火灵教查不出任何问题，他们只好顺着火灵教，查和火灵教相关?的其他人。这就查到了远藤晋三头上，FBI发现他们两?者之间最近来往密切，于?是派在日本，且还是同?一个学校的赤井秀一接近远藤晋三。
可赤井秀一刚接了任务，就发现远藤教授几天前已经被害。当?时柯南告诉他，凶手应该是名叫安东弥生的学生。现在唯一的线索中断，赤井秀一只能接近安东弥生，打探他的情报。
后面安东弥生被组织换了身份，找不到安东弥生的赤井秀一，只能找柯南要了情报。柯南担心和景弥生对自己不利（理发店案），光速把和景弥生信息告知给赤井秀一，赤井秀一重新接近和景弥生。
和景弥生没有察觉异常，几次接触后和赤井秀一成为朋友，为了感谢他的帮助，还给赤井秀一施加了赐福。而后赤井秀一被FBI发现身上的异常，干脆直接送去火灵教卧底。
奥山主教其实从一开始就发现了赤井秀一的不对劲，但他想知道到底为什么赤井秀一身上有非科学的情况出现，所以一直把他留在身边。为了测试赤井秀一的能力和背后的组织，奥山主教安排赤井秀一去解决火灵圣子教，并最终确定赤井秀一身后为FBI。
奥山主教为了威胁赤井秀一，故意在他面前揪出FBI的其他卧底，然后启动徽章，活活烧死了一位FBI探员。赤井秀一察觉到奥山主教的警告，同?时担心自己报告给FBI会让所有持有徽章的人陷入危险，所以迟迟不敢行动。
朱蒂发现赤井秀一的异常，执意用假身份上船，想看看到底发生什么事情。第一天赤井秀一当?时用假身份接头，找的就是朱蒂。朱蒂把卫星电话给了赤井秀一，并约定了见?面时间和暗号。
可后面赤井秀一逐渐意识到火灵教的计划，考虑到朱蒂手上肯定不止一个卫星电话，如果他告诉朱蒂，朱蒂肯定会告诉FBI，那到时候外面那么多火灵教的信徒就全得死，他不敢去赌。
第一天上船时，他也注意到小田切的发言，意识到小田切有问题，他果断选择劝说小田切倒戈。得益于?小田切本来就不太认同?这个方案，加上和景弥生的赐福，赤井秀一成功拉弄小田切到己方阵营。
第二?条暗线是安室透，他的故事在正文里面说的差不多了。
因为组织里面的“灵异”事件，琴酒接手了墨田组的任务，后面因为和景弥生家里摄像头被拆，作为情报的交换条件，安室透从琴酒手上要走了这个任务。
接到任务后，安室透就开始受到追杀，而且是很密集的追杀。（嗯……因为景光的线主要连在透子身上，所以他会很倒霉）被逼到连觉都没得睡的安室透，无?奈之下?选择上